DTU Aqua har undersøgt, hvordan Årslev Engsø har påvirket de unge ørreders vandring fra Aarhus Å-systemet ud i havet. Undersøgelsen viser, at 62 % af ørredsmolt ikke kommer igennem søen og dermed ikke kommer ud i havet, hvor de ellers skulle vokse sig store og blive til havørreder.
DTU Aqua har undersøgt, om det er muligt opnå en selvreproducerende bestand i vandløbet, hvis smoltdødeligheden gennem Årslev Engsø fjernes, og vurderingen var at dette var muligt såfremt smoltene ikke skal passere søen.
Lignende resultater kendes fra Egå Engsø nord for Aarhus. Her er der målt et gennemsnitligt smolttab på 83 % i et område, hvor smoltene tidligere passerede frit gennem åen uden tab.
Et stort tab af ørreder er ikke hensigtsmæssigt set fra et samfundsmæssigt ønske om gode fiskebestande. Desuden stiller vandrammedirektivet krav om, at der skal være naturlige fiskebestande i vandløbene. Derfor bør fiskenes interesser i højere grad end hidtil inddrages i planlægningen af fremtidige projekter med vandløb og søer til rensning af næringsstoffer, selvom det kan betyde, at man ikke får den samme omsætning af næringsstoffer. Ellers vil man ofte få problemer med at sikre vandrammedirektivets krav og samfundets ønsker om gode fiskebestande.
Den bedste løsning ved anlæggelse af søer ved vandløb er at føre det meste af vandet udenom søen og lave vandindtaget til søen på en sådan måde, at fiskene ikke finder den. Fiskene følger vandstrømmen i åen og vil da primært vandre uden om søen. Et eksempel på dét er Skibet ved Vejle Å, hvor kun 0,1 % af det samlede smoltudtræk i åen finder vej ind i søen ved et vandindtag.
